La Comisión está presente en ocho departamentos de Colombia. PBI Colombia acompaña a la CIJP en Bogotá, Urabá y Valle de Cauca.
La Comisión Intereclesial de Justicia y Paz (CIJP) acompaña a comunidades y organizaciones quienes afirman sus derechos, sin el uso de la violencia, en zonas de conflicto armado. La Comisión apoya experiencias concretas de búsqueda de verdad, justicia y reparación y de salidas políticas negociadas al conflicto armado interno.
El trabajo de la Comisión se enfoca en la protección integral del territorio —restitución de la propiedad de afrodescendientes, indígenas y mestizos; protección del uso tradicional del territorio y su biodiversidad, la afirmación de los derechos frente a la industria de agrocombustibles y sus implicaciones en la seguridad alimentaria, así como la denuncia de los atropellos de los actores armados protagonistas del conflicto en Colombia.
Entre otros procesos, la Comisión acompaña a comunidades de Cacarica, Curbaradó y Jiguamiandó en el Urabá antioqueño y chocoano, quienes en 1997 fueron desplazadas por dos operaciones militares: la Operación Septiembre Negro y la Operación Génesis. La mayoría de los pobladores vivieron, por muchos años, en condición de desplazados. Los retornos de las familias comenzaron a partir de 1999 en Jiguamiandó, de 2000 en Cacarica y de 2006 en Curbaradó mientras el conflicto armado persistía en la región. Para poder sobrevivir en medio del conflicto armado, las comunidades de Cacarica crearon las primeras Zonas Humanitarias en 2001. Las comunidades retornadas de Jiguamiandó y Curbaradó siguieron el ejemplo y establecieron sus primeras Zonas Humanitarias en 2003 y 2006, respectivamente. En Cacarica los líderes lograron la titulación de las tierras colectivas a nombre de las comunidades afrodescendientes. Mientras tanto, en Curbaradó y Jiguamandó los líderes siguen exigiendo la restitución de sus tierras desde su retorno.
En septiembre de 2003 la Comisión Interamericana de Derechos Humanos otorgó medidas cautelares a favor de los miembros de la CIJP a causa de amenazas, seguimientos, señalamientos, retenciones y allanamiento en forma constante desde 1997 y en forma más intensa desde 2003. Por ello solicitó al Estado colombiano la adopción de las medidas necesarias para proteger la vida y la integridad física de los beneficiarios e informar sobre las acciones emprendidas para investigar los hechos y poner fin a las amenazas. PBI acompaña a la Comisión desde 1994.